Siliconen is een zeer soepel materiaal. De wand van de siliconen sonde is, in vergelijking met PVC en PUR, vrij dik. Bij eenzelfde externe diameter is de interne diameter van een siliconen sonde kleiner dan een PVC- of PUR-sonde. Hierdoor neemt de kans op verstopping bij een siliconen sonde iets toe. Afhankelijk van de soort sondevoeding kan het daarom nodig zijn om één charrière-maat groter te kiezen.
Om de sonde niet te beschadigen wordt een siliconen sonde meestal zonder voerdraad ingebracht. Om toch stevigheid te krijgen bij het inbrengen van een siliconen sonde kan de sonde een paar minuten in de vriezer gelegd worden om hem daarna in te brengen.
Een siliconen sonde moet na maximaal 12 weken worden vervangen.